北魏时期，郦道元撰《水经注》，首次指出了女娲祠的具体位置。其《渭水篇》云：“略阳川水又
西北流入瓦亭水。瓦亭水又西南出显亲峡，石宕水注之。水出北山，山上有女娲祠。庖羲之后有女娲焉，与神农为三皇矣。其水南流注瓦亭水”。略阳川水，即今清水河，自东向西流入瓦亭水(今葫芦河)。显亲峡在今秦安县叶堡乡和安伏乡之间，相传伏羲女娲在此结婚，繁衍人类。
自郦道元之后千余年间，女娲祠所经历的沧桑变迁，史料乏载。到了明嘉靖年间胡缵宗修《秦安志》时，陇城北山有女娲庙故址，庙宇存而祭祀废。“北山”，即清宣统《
甘肃新通志》中所言的“龙泉山”。可见，最迟在明代，女娲祠已移建于陇城龙泉山，并更名为女娲庙。
清乾隆初年，龙泉山崩，女娲庙被毁。道光后，庙移建于陇城镇东门内。不久，大水逼城，庙又移建于东山坪。同治初年，庙又毁于战乱，再徙陇城城南隍庙旧址。
“文革”期间，女娲庙再度被拆毁。1989年和2000年，陇城民众先后于原址重建女娲庙，建成一座占地160平方米的“娲皇宫”，轩楹宏敞，飞檐兽脊，流丹飞碧，雕梁画栋，内置著名雕塑家何鄂创作的女娲像。2005年，女娲庙被秦安县人民政府公布为县级文物保护单位。
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