慈云寺﹐原名慈云庵，始建于明万历四十三年（公元1615年）。清顺治十五年（1656）﹐清世祖福临召当时的武康名僧玉琳进京﹐对之“慰劳优渥”﹐送居万善殿﹐不时前往“临访道要”﹐“恨相见之晚﹐特赐号大觉禅师。”后又晋封“大觉普济能仁国师”﹐名闻一时。康熙十四年（1675）﹐已近垂暮之年的玉琳国师只身云游﹐挂单于
淮安府（今淮阴）慈云寺﹐八月十日说偈跌坐而逝﹐为佛法作了最后一次布施﹐以自己的肉身来兴隆此一方道场。玉琳国师的肉身尚存﹐文革中被好心人掩埋﹐一时没下落﹐现正在寻找﹐相信会有重现的一天。他是历史上作为国师身份的僧人成就肉身的唯一。雍正十三年（1735）﹐清世宗以清江浦慈云庵为大觉圆寂之所﹐诏拨淮关银照大丛林式兴建﹐置香火地﹐命内务大臣﹑淮关监督年希尧督建此寺﹐钦赐《慈云禅寺》匾额﹐改庵为寺﹐至乾隆四年（1739）大功告成。建有钟﹑鼓二楼﹐东﹑西牌楼，上书为朕亲临﹐文官下轿﹐武官下马。殿院前后五进﹐依此为山门殿﹑金刚殿﹑大雄宝殿﹑藏经殿﹑国师殿。大山门上悬挂着雍正皇帝钦赐匾额﹐殿内佛像庄严﹐殿宇华丽壮观﹐寺内花木葱郁。其后﹐又屡蒙皇帝赐紫衣袈裟﹑赐藏经﹑伞盖经﹑玉如意﹑藤杖面等﹐遂名跻江淮﹐成为大丛林。乾隆帝曾二度于南巡时到寺内瞻礼﹐钦赐匾额《慧照常圆》﹐ 并留下诗文《慈云寺瞻礼》﹑《慈云寺瞻礼迭庚子诗韵》……
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