瞿昙寺院依山傍水，总体布局为一长方形，占地1.5公顷。虽历经600余年，该寺古风犹在，被誉为“乐都小
故宫”。
瞿昙寺是一座喇嘛教寺院。据寺碑记载：明代以前，在乐都县
南山坳里背山面水的地方就建有庙宇。明洪武二十六年（1393年），因寺院主三罗藏拥护明朝，朱元璋皇帝御赐题为“瞿昙”的金匾。从此，这座庙宇便定名“瞿昙”。
十五世纪初的明永乐年间，朱棣皇帝又赐三罗藏之侄班丹藏卜“顶净觉宏济大师”头衔，令其主持寺院，提高了寺院地位。经明朝洪熙、宣德两代的扩建，使瞿昙寺有了较大的规模。寺院建筑基本采用汉式庙宇形制，高低错落，气势雄伟。
瞿昙寺现存文物中最引人注目的莫过于“象背云鼓”了。那是一只石雕卧象，背上托起木雕的叠云，叠云架起一面真鼓，石象回首顾盼，鼻卷莲花，那神态似乎在告诉人们：云中的鼓声如雷，大雨将至了。
金刚殿是前中后殿的分界和过道，面积约110平方米，采用梁柱结构，不施斗栱。瞿昙殿居中院前部，面积为170平方米，平面布局。前设有比较深的半敞式抱厦三间，而其他三面则为封闭式回廊，是比较典型的喇嘛寺院的格局。
宝光殿居中院后部，面积约400平方米，左、右、后三面砌砖墙，四面围明廊。隆国殿在后院，又名大持金刚殿，和瞿昙寺殿、宝光殿在同一条中轴线上，是全寺最高大壮丽的建筑，面积约900平方米，殿前设有带罩壁式栏杆的敞式平台，四周皆设明廊。
瞿昙寺的四角有香趣塔四座，塔高9米，长、宽各约5米。半壁式画廊从金刚殿左右两侧起，分经大小钟楼和鼓楼，直连隆国殿两侧，形成环抱之势。画廊共有50余间，面积近400平方米，其中28间布满了巨幅彩色壁画，堪称寺内最为珍贵的艺术品，它是用连环画的方式描绘释迦牟尼一生的故事。场面宏大，画艺精湛，为瞿昙寺一绝。
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